Ejemplo de script PHP para escribir en un fichero

<?php
$myfile = fopen("nuevo-fichero.txt", "w") or die("No se puede abrir el fichero!");
$txt = "John Doe\n";
fwrite($myfile, $txt);
$txt = "Jane Doe\n";
fwrite($myfile, $txt);
fclose($myfile);
?>

Para hacerlo es simple, con este comando:

cat fichero.txt | sort | uniq > fichero-sin-repeticiones.txt