Cuando se migra un wordpress de Linux a Windows IIS, una de las cosas que no te van a funcionar son los enlaces amigables. En Windows .htaccess no funciona. En su lugar tiene que colocar un fichero web.config para que el sistema te permita visualizar los enlaces amigables. He aqui un ejemplo de web.config para que te funcionen los enlaces amigables. 

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>

<configuration>

  <system.webServer>

    <rewrite>