Para poder banear una IP, debemos ejecutar un comando de shell. Lo que hacemos al banear una IP es bloquearle el tráfico, podemos bloquear sólo el tráfico de entrada (de esa IP a la máquina) o el de salida (de la máquina a esa IP), para ello son los siguientes comandos:

iptables -I INPUT -s [la ip] -j DROP

iptables -I OUTPUT -s [la ip] -j DROP

Si lo que tienes es una lista de IP's, puedes crear un script que lea el fichero y vaya agregando al iptables.